南京医科大学学报(自然科学版)

作者：冯勤超，邹 贤，王国瑞，李秀龙，朱国华

单位：江苏省原子医学研究所附属江原医院外科，江苏 无锡 214063,,江苏省原子医学研究所附属江原医院外科，江苏 无锡 214063,,江苏省原子医学研究所附属江原医院外科，江苏 无锡 214063,,江苏省原子医学研究所附属江原医院外科，江苏 无锡 214063,,江苏省原子医学研究所附属江原医院外科，江苏 无锡 214063,

关键词：环状RNA;甲状腺癌;微阵列分析

基金：无锡市科技发展资金（CSE31N1728）

目的：通过微阵列分析寻找更多甲状腺癌中差异表达的环状RNA（circRNA）并探讨其作用机制。方法：使用R软件分析来自基因表达图谱（gene expression omnibus，GEO）数据库中下载的基因芯片数据集GSE93522得到差异表达的circRNA。使用miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测相关微小RNA（miRNA）和信使RNA（mRNA），结合来自肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库的513个甲状腺癌组织样本和59个癌旁组织样本中差异表达的miRNA和mRNA，利用Cytoscpe软件构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。通过基因本体论（gene ontology，GO）分析、京都基因与基因组百科全书数据库（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）分析以及生存曲线分析等，筛选其中重要的circRNA-miRNA-mRNA调控网络。进一步结合基因芯片数据集GSE40807、GSE3467和GSE33630以及TCGA库中数据及临床资料验证得到的调控网络。结果：构建的circRNA-miRNA-mRNA调控网络包括18个circRNA、8个miRNA和26个mRNA。GO分析显示，其中一些mRNA参与细胞代谢、迁移等，并参与细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶复合物的组成。KEGG分析显示，一些mRNA与PI3K-AKT通路、MAPK通路和P53信号通路等相关。结合circRNA评分构建由21对circRNA-miRNA关系对和16对miRNA-mRNA关系对组成的重要circRNA-miRNA-mRNA调控网络，其中包括6个circRNA、8个miRNA和16个mRNA。根据TCGA数据库中表达验证及临床资料分析，得到hsa_circ_0001658-hsa-mir-183-AKAP12调控网络与甲状腺癌发生发展关系最为密切。结论：多条circRNA-miRNA-mRNA网络与甲状腺癌的发生发展有关，其中hsa_circ_0001658-hsa-mir-183-AKAP12调控网络最为重要，这可能有助于寻找更多的甲状腺癌诊断与预后标志物和治疗靶点。

来源：2020年第8期

《南京医科大学学报(自然科学版)》期刊编辑部

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