南京医科大学学报(自然科学版)

作者：时国东，陈 群，胡青桥，卢 诚，袁 昊，孟令东，黄徐敏，陆怡超，沈 鹏，张奕晗，张 凯，张静静，苗 毅，蒋奎荣

单位：南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院核医学科，江苏 南京 210029,,南京同仁医院普外科，江苏 南京 211102,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,,南京医科大学第一附属医院胰胆中心，江苏 南京 210029,

关键词：胰腺导管腺癌;TCGA;甲基化;mRNA;预后

基金：国家自然科学基金（81902455，81871980）；江苏省医学重点人才项目（ZDRCB2016004）；江苏省医学重点学科?普通外科学（ZDXKA2016005）

目的：通过对肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库内胰腺导管腺癌（pancreatic ductal adrenocarcinoma，PDAC）相关数据的研究，从全基因组水平发现影响PDAC预后的甲基化位点及基因。方法：从TCGA网站下载2016年1月28日更新版本的有关PDAC的临床数据、甲基化数据（基于Illumina Methylation 450芯片）及转录组数据（基于Illumina Hiseq测序）。纳入兼具预后数据和甲基化数据的患者179例，应用Cox比例风险模型分析每个位点甲基化水平与PDAC患者总体生存率的关系。进一步纳入兼有甲基化数据及转录组数据的患者173例，分析甲基化水平与对应mRNA表达水平的关系。最后分析mRNA表达水平与PDAC患者总体生存率的关系。结果：用于甲基化预后分析的179例患者年龄为（64.64±10.96）岁，用于相关性分析和mRNA预后分析的173例患者年龄为（64.46±10.91）岁，两者中位生存时间均为20.1个月。本研究发现的与PDAC预后关系最显著的前20个甲基化位点中，11个位点的高甲基化水平为PDAC预后的危险因素，9个为保护因素。位于ZNF438基因5′UTR区的cg01656216探针靶向的位点与PDAC预后相关最显著（HR=0.37，95%CI：0.24~0.56，P=4.11×10-6）。进一步发现8个位点甲基化水平与相应mRNA表达水平呈负相关（r<-0.3，P < 0.05），其中PKP3（cg20268054）和EFNB2（cg22179913）的mRNA表达水平还与预后有关（HR=1.66，95%CI：1.06~2.61，P=0.027；HR=1.86，95%CI：1.21~2.88，P=0.005）。结论：通过对TCGA数据库PDAC样本的分析发现，PKP3和EFNB2基因的甲基化水平与PDAC预后相关，可进一步发掘其作为PDAC预后相关生物标志物的潜能。

来源：2020年第8期

《南京医科大学学报(自然科学版)》期刊编辑部

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