南京医科大学学报(自然科学版)

北大核心,CA,JST

国内刊号:32-1442/R

国际刊号:1007-4368

南京医科大学学报(自然科学版)杂志2022年第10期:基于TCGA数据库的肾透明细胞癌miRNA预后模型的构建及蛋白互作网络分析

发布日期:

作者:马牧溪,张发财,王明生,马洪贵,钟渠梁,胡欢,吴志平

单位:贵州医科大学临床医学院,贵州 贵阳 550000,,贵州医科大学临床医学院,贵州 贵阳 550000 ;贵州医科大学附属医院泌尿外科,贵州 贵阳 550000,,贵州医科大学临床医学院,贵州 贵阳 550000,,贵州医科大学临床医学院,贵州 贵阳 550000 ;贵州医科大学附属医院泌尿外科,贵州 贵阳 550000,,贵州医科大学临床医学院,贵州 贵阳 550000 ;贵州医科大学附属医院泌尿外科,贵州 贵阳 550000,,贵州医科大学临床医学院,贵州 贵阳 550000,,贵州医科大学临床医学院,贵州 贵阳 550000 ;黔南州人民医院泌尿外科,贵州 都匀 558000,

关键词:miRNA;肾透明细胞癌预后;生物标志物;蛋白互作网络

基金:贵州省科技计划项目(黔科合支撑[2021]一般060)

目的:通过微小RNA(microRNA,miRNA)预后模型筛选肾癌高危人群并进行早期干预治疗,以提高患者的生存率。 方法:基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,通过风险生存曲线、受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线及生存状态图对模型进行评价并对风险评分进行独立预后分析,筛选肾透明细胞癌预后相关的miRNA, 建立预后风险模型。结果:①从TCGA数据库初步筛选3 613个差异性表达的mRNA和49个差异表达的miRNA。②通过单、 多因素Cox回归分析筛选出3个与预后相关的miRNA构建风险预后模型,并且Train组、Test组和所有样品的高低风险组存在明显生存差异;3 组样本 1、3、5 年生存分析的 ROC 曲线下面积均接近或大于 0.70,风险评分可以作为独立预后因子。③在 GO富集分析中,主要富集在肾单位的发育、突触后密度及离子跨膜转运蛋白活性等;而在KEGG富集分析中,主要参与其他类型的O-聚糖生物合成、N-聚糖生物合成等通路。结论:基于TCGA数据库构建的3个miRNA风险预后模型可作为肾透明细胞癌的预后生物学标志物。

来源:2022年第10期

《南京医科大学学报(自然科学版)》期刊编辑部

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